MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018293	ATCAA	2	10	643	652	60 %	20 %	0 %	20 %	399994763
2	NC_018293	GGC	2	6	665	670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994763
3	NC_018293	GC	3	6	706	711	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
4	NC_018293	ACG	2	6	734	739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994763
5	NC_018293	AAATC	2	10	824	833	60 %	20 %	0 %	20 %	399994763
6	NC_018293	GCC	3	9	841	849	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994763
7	NC_018293	GC	4	8	860	867	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
8	NC_018293	CGGC	2	8	897	904	0 %	0 %	50 %	50 %	399994763
9	NC_018293	AGG	2	6	959	964	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399994763
10	NC_018293	CAT	2	6	1023	1028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994763
11	NC_018293	GTC	2	6	1077	1082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994763
12	NC_018293	GGCG	2	8	1089	1096	0 %	0 %	75 %	25 %	399994763
13	NC_018293	CGG	2	6	1101	1106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994763
14	NC_018293	GGGCT	2	10	1147	1156	0 %	20 %	60 %	20 %	399994763
15	NC_018293	CAAT	2	8	1175	1182	50 %	25 %	0 %	25 %	399994763
16	NC_018293	TTC	2	6	1322	1327	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994763
17	NC_018293	AAG	2	6	1345	1350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399994763
18	NC_018293	TGCC	2	8	1496	1503	0 %	25 %	25 %	50 %	399994764
19	NC_018293	ATC	2	6	1637	1642	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994764
20	NC_018293	GC	3	6	1692	1697	0 %	0 %	50 %	50 %	399994764
21	NC_018293	GCATG	2	10	1737	1746	20 %	20 %	40 %	20 %	399994765
22	NC_018293	GCG	2	6	1789	1794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994765
23	NC_018293	CGA	2	6	1874	1879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994765
24	NC_018293	CG	3	6	2000	2005	0 %	0 %	50 %	50 %	399994765
25	NC_018293	ACCG	2	8	2013	2020	25 %	0 %	25 %	50 %	399994765
26	NC_018293	CG	3	6	2019	2024	0 %	0 %	50 %	50 %	399994765
27	NC_018293	GCC	3	9	2058	2066	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994765
28	NC_018293	CTGC	2	8	2075	2082	0 %	25 %	25 %	50 %	399994765
29	NC_018293	ATC	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994765
30	NC_018293	GCGA	2	8	2131	2138	25 %	0 %	50 %	25 %	399994765
31	NC_018293	GCC	2	6	2139	2144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399994765
32	NC_018293	TCA	2	6	2209	2214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994765
33	NC_018293	AG	3	6	2378	2383	50 %	0 %	50 %	0 %	399994766
34	NC_018293	TCA	2	6	2404	2409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994766
35	NC_018293	CGG	2	6	2457	2462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994766
36	NC_018293	GAT	2	6	2478	2483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
37	NC_018293	GTCG	2	8	2489	2496	0 %	25 %	50 %	25 %	399994766
38	NC_018293	TTG	2	6	2845	2850	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399994766
39	NC_018293	C	6	6	2867	2872	0 %	0 %	0 %	100 %	399994766
40	NC_018293	TCT	2	6	2994	2999	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994766
41	NC_018293	ATTG	2	8	3079	3086	25 %	50 %	25 %	0 %	399994766
42	NC_018293	GTC	2	6	3115	3120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
43	NC_018293	T	6	6	3143	3148	0 %	100 %	0 %	0 %	399994766
44	NC_018293	CCT	2	6	3248	3253	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
45	NC_018293	A	7	7	3266	3272	100 %	0 %	0 %	0 %	399994766
46	NC_018293	AGA	2	6	3331	3336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399994766
47	NC_018293	ATCG	2	8	3371	3378	25 %	25 %	25 %	25 %	399994766
48	NC_018293	GAT	2	6	3399	3404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
49	NC_018293	GGA	2	6	3417	3422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399994766
50	NC_018293	CTC	2	6	3492	3497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
51	NC_018293	TCG	2	6	3511	3516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
52	NC_018293	CAA	2	6	3654	3659	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399994766
53	NC_018293	GACG	2	8	3669	3676	25 %	0 %	50 %	25 %	399994766
54	NC_018293	GAT	2	6	3729	3734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994766
55	NC_018293	CTC	3	9	3735	3743	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	399994766
56	NC_018293	GA	3	6	3841	3846	50 %	0 %	50 %	0 %	399994766
57	NC_018293	ACG	2	6	3851	3856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994766
58	NC_018293	CGT	2	6	3992	3997	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994766
59	NC_018293	ATCG	2	8	4080	4087	25 %	25 %	25 %	25 %	399994766
60	NC_018293	GAC	2	6	4128	4133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994766
61	NC_018293	GAAAC	2	10	4148	4157	60 %	0 %	20 %	20 %	399994766
62	NC_018293	CGG	2	6	4161	4166	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994766
63	NC_018293	GAAAG	2	10	4184	4193	60 %	0 %	40 %	0 %	399994766
64	NC_018293	GC	3	6	4341	4346	0 %	0 %	50 %	50 %	399994767
65	NC_018293	A	6	6	4388	4393	100 %	0 %	0 %	0 %	399994767
66	NC_018293	CAT	2	6	4463	4468	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399994767
67	NC_018293	TTC	2	6	4495	4500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399994767
68	NC_018293	CGG	2	6	4546	4551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994767
69	NC_018293	GCG	2	6	4702	4707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399994767
70	NC_018293	TGA	2	6	4736	4741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768
71	NC_018293	CGGT	2	8	4754	4761	0 %	25 %	50 %	25 %	399994768
72	NC_018293	CGA	2	6	4827	4832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
73	NC_018293	CG	3	6	4833	4838	0 %	0 %	50 %	50 %	399994768
74	NC_018293	TCCG	2	8	4843	4850	0 %	25 %	25 %	50 %	399994768
75	NC_018293	CGT	2	6	4860	4865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399994768
76	NC_018293	AGC	2	6	5069	5074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
77	NC_018293	TC	3	6	5097	5102	0 %	50 %	0 %	50 %	399994768
78	NC_018293	GAT	2	6	5194	5199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768
79	NC_018293	AGC	2	6	5534	5539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399994768
80	NC_018293	GAT	2	6	5680	5685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399994768

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.